果殼活性炭在水處理中應用廣泛，但其中也有缺點，造成了一定的影響，以下是果殼活性炭在水處理中產生的一些負面影響：
       (1)活性炭吸附了大量的有機物，這些有機物會成為細菌等微生物的營養，細菌會在活性炭的微孔中大量繁殖增生，并可能導致出水中菌落總數超標。
　　(2)凈水器中的活性炭在微生物催化作用下，把水中氨氮轉化為亞硝酸鹽氮，常出現凈水器出水中的亞硝酸鹽比進水高出很多倍。亞硝酸鹽本身不是致癌物質，但它與水中胺類物質反應生成的亞硝胺是強致癌物質。
       (3)在活性炭吸附過濾的出水加溴樹脂(溴代聚苯乙烯海因)過濾或UV殺菌是解決水中微生物超標的好方法。
       活性炭價格根據其質量所決定。

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